Назва введена Ернстом Геккелем в 1866 році, проте в сучасному розумінні його вперше використав в 1969 році Роберт Уїттекер, автор «системи п'яти царств». Традиційно протистів поділяють на найпростіших (Protozoa), водоростей (Algae) і грибоподібних організмів; всі ці групи мають поліфілетичну природу і не використовуються як таксони. Як і багато інших груп, що виділені за «залишковим принципом», найпростіші не відокремлюються з яких-небудь позитивних характеристик.
