Фондю вигадали альпійські пастухи. За Середньовіччя цю страву вважали їжею простолюдів: у пастухів не було широкого вибору в їжі, традиційна трапеза складалася з хліба, сиру та вина. Саме ці інгредієнти і стали основними у винайденні нової страви — фондю.

фр. fondue «т.с.» < fondre «топити, плавити» < лат. fundere «виливати» < прат. *hundō, < піє. *ǵʰu-né-d(H)-ti < *ǵʰew-d(H)- < *ǵʰewd- «лити»