Приклади такого співжиття можна прослідкувати у: азотфіксуючих бактерій (різобії), які живуть у корневих бульбочках рослин родини бобових; одноклітинних водоростей всередині клітин коралів і бактеріальних ендосимбіонтів всередині тіла вищих організмів, особливо комах. Існують й інші приклади ендосимбіозу. Вважається, що такі органели еукаріотичних клітин, як мітохондрії і пластиди (наприклад, хлоропласти), походять від бактеріальних ендосимбіонтів.