Основна мета іхтіології полягає в теоретичному обґрунтуванні збереження, відтворення й охорони рідкісних і зникаючих видів риб, а також рибних ресурсів, методів оцінок промислових запасів риби, якісного складу іхтіофауни, розроблення способів підвищення рибопродуктивності континентальних водойм і світового океану, прогнозування стану іхтіофауни під впливом антропогенних чинників.
