Бо від праслов'янського *čьlnъ, порівняййте зі словом у инших відмінах: ЧОВен, але ЧОВна, ЧОВни, ЧОВну, тобто коренем є "човн". Тож мотивація така, що "човня" (можна трактувати як човн + -ня = човння = човня) не порушуючи прицнипи української мови, є просто коротше й лаконічніше за "човнярня", та й "човнярня" згідно з засад української мови це швидше "приміщеня човняра", бо тут суфікс "-ня" дається до слова ЧОВНЯР, а не ЧОВ(е)Н.

Руська мова не знає розвою дзвукоставу: *човння → +човня. Хоча сам по собі твар човня бути може: *kyl-n-y-a- → *чьлн-іа. Та він не паде під зрак инших слів на -ня, ги: спальня, вітальня тощо.

Зрозуміло, але є питання щодо відмінювання слова "човня" на письмі. Бо у певних відмінках воно пишеться так само, як і слово "човен" у відповідних відмінках. Усно можна відокремити слова наголосом, але з письмом буде трохи складніше. Наприклад: ми сиділи у човні. У якому є човні? У тому, що "човня", чи в тому, що "човен"? Цей момент треба обміркувати

Доречна заувага.

Михай Ло, Карл-Франц Ян Йосиф,
и слова мати "mother" та мати "to have", сім’я "family" та сім’я "seed, semen", та "and" и та "that (she)", и багато йинших пишемо одинако.

Щодо човня, в місцевім відмінку був би різний наголос: чо́вня → в чо́вні, чо́вен~чове́н → в човні́.