Інфузорія-туфелька має два різних за будовою та функціями ядра: круглий диплоїдний мікронуклеус та бобоподібний поліплоїдний макронуклеус.

Як і інші інфузорії родини Парамецій, дістав назву через характерну форму клітини, що нагадує відбиток пантофлі. Узагальнююча частина назви походить від лат. infusum («настій»), тому, що перших представників цього класу знайшли у трав'яному настої.