Педофобія може мати корені в різних психологічних чинниках. Прикладом таких чинників можуть бути особисті випадки зазнання насильства у дитинстві, переживання травматичних подій, сприйняття небезпеки в суспільстві, або деяка форма проекції особистих тривог на інших людей або предмети.
