Від заток лагуни відрізняються більшим ступенем ізольованості від моря. Лагуни звичайно з'єднані з морем протоками, але іноді відокремлені береговими валами, косами тощо. Тому органічний світ та осади більш автономні, не зазнають такого впливу відкритого моря, як затоки. Існують численні переходи від затоки до лагуни та континентального приморського озера.

іт. laguna «лагуна» походить від лат. lacūna «калюжа», пов’язаного з lacus «озеро», спорідненим з ірл. loch «т.с.», дангл. lagu «море, ріка, вода», гр. λάκκος «став, яма», псл. loky «калюжа», болг. ло́ква, схв. лȍква, слн. lókva, стсл. локы «т.с.»