Від слова "зливатися".
Дякую, Андрію !
Полісемія нормальне явище для природних мов, а з біологічного контексту явно про що йде мова !
Ярославе, змінка про полісемію є слушна, але самий вибір семантично-мотиваційних складників: крім самого префікса, який має передати парування, лучбу, єднання, яке саме навантаження змислове несе корінь слова саме для даної тями? Чим його вибір є ліпший перед багатьма іншими мотиваційними дієсловами, від яких іменник з префіксом <з-> би так само передав значення злиття, єдності, сполученості? Мені так виглядає, неначе головне та єдине семантичне навантаження тут лежить тільки на префіксі, а все інше є в слові пустий/зайвий баласт. Словом, має бути щось влучніше.
Єлисію, в цьому випадку статеві клітини зливаються буквально й фізично, а злуку чи лучбу краще на мій погляд залишити для інтеграційі держав чи парування тварин.
Я писав не про акт і наслідок самого "злиття" в розумінні єднання в одне ціле, а про саму асоціацію з "литтям" і дією "лити, лляти", яка тут є явно побічна. Що ті тіла суть "м'які" не є головне, що є суть "зиготи". Головне є результат дії, коли з двох стає одне. Грецьке слово не є мотивовано асоціацію з "м'якістю~рідкістю, яке ллється", а коренем зо значенням "лучби, єднання".
Підкреслення саме єднання може спричинити плутанину зі статевим актом. Я до речі не проти секс/коїтус назвати саме лучбою, а інтеграцію держав злукою, бо слово "воз'єднання" чи "єднання" явно походять від церковнослов'янізму "єдиний": "Початкове «є» на місці східнослов'янського «о»: єдиний, єдність (пор. укр. один)": 
uk.wikipedia.org: Церковнослов'янізм
"воз'єднання" є точно гібрид цсл. з укр, либонь. А "єднання" ні, або принаймі проти його цсл-сті (чи польськості) можна посперечатися.
"Початкове «є» на місці східнослов'янського «о»: єдиний, єдність ...
Я вже тут про *ed-yn- : *ed-in- писав; єдин- є єдин-, а єдьн- є єдьн-. <Єдність> є скоріше полонізм (<є> під наголосом, замість очікуваного <ї>), але <єднáти> таки нема переконливих підстав списати в чуже (наголос тут не на <є>, а тому <є> тут можна трактувати як "послаблене" <ї>), і творене є се дієслово не від єдин, а від єдьн- "єден, їдна~{йнна}, їдно~{їнно}" - питомої руської форми поруч з один- (правильна парадигма останнього є: один, одина, одино).
Чому тоді ЕСУМ це пише в спосуди?
goroh.pp.ua: єдиний
Та й чому перше "є-" не перетворилося в "о-" як це було з праслов'янськими "єлень", "єдин", "єзеро"?
Гарно. І кого лякає схожість до металевого "злитку", то відайте, що "злиток" це вочевидьки калька російського "сліток".
Від слова "злучати".
хоча це зараз найуподобаніший переклад слова 
сперматозоїд, але він куди ліпше пасує тут.
Порівняйте із "зародок", "наслідок", "відтинок" (відрізок), "утинок" (сеґмент), "сколок" (копія), "виводок", "виплодок", "виродок", а також зі словами жіночого роду "викрійка", "вирізка".
Від *poyiti "лучити (з ким/чим), єднати, зли(ва)ти" в укр. <поїти>, та його дуративного (тривала чи вторена дія) варіанта <паяти>, що є кавзативний твар (дієслово спричинення дії в об'єкті: садити від сісти, ложити від лягти, бавити від бути, гоїти від жити тощо) від дієслова <пити>. Таким чином, первісно *poyiti, *payati є *"лучити рідиною" (в технології паяння рідким, плавленим металом – через образність: кус твердого металу "п'є" з металу топленого). Ся семантична мотивація дієслова пити лягла [мені] в основу творення слова для тями "зигота" - як те, що є лучено злиттям, у рідкім стані.
Я намагався підібрати основу чи корінь, який передасть відповідну суть "злиття рідкої/м'якої/аморфної речовини" без додаткових/уточнювальних афіксів значення "єднання" (як <з->), бо грецьке *zygote є від чистого кореня, здатного таке значення передати. Із перебраних мною коренів *poy- неначе найліпше в укр.м. здатен сю суть передати. Остаточну морфологію самого йменника я поки рішити не міг, тому даю кілька форм ...
... на вибір (можуть бути й інші від сього кореня). Спільне й головне в тих формах є чепінь *-en- пасивних дієприкметників, тобто з вихідною основою *poy-en-, що тут має відбити значення *"[те, що є] злите ~ паяне". У формі <поїнь> із *poy-en-y- є відбито оформлення парадигматичним чепенем *-y- ймен жіночого роду з відтінком результату дії; з закономірним переголосом *-y-en-y- в <-їнь> у критім складі, та <-ен-> у складі полім. Форма <поєна> є в істоті субстантивований дієприкметник *poyena від дієслова *poyiti, себо *"лучена паянням, пайкою, литтям"; а твар <поїнка> є дрібний твар від <поєна>, ги <печінка> від *печена, чи <плетінка> від *плетена; самий же жіночий рід є навіяний жіночим родом грецької форми *zygóté; хоча - як я вже вище писав - остаточна форма є ще відкрита для обговорення.
—