Від слова "зливатися".
Дякую, Андрію !
Полісемія нормальне явище для природних мов, а з біологічного контексту явно про що йде мова !
Ярославе, змінка про полісемію є слушна, але самий вибір семантично-мотиваційних складників: крім самого префікса, який має передати парування, лучбу, єднання, яке саме навантаження змислове несе корінь слова саме для даної тями? Чим його вибір є ліпший перед багатьма іншими мотиваційними дієсловами, від яких іменник з префіксом <з-> би так само передав значення злиття, єдності, сполученості? Мені так виглядає, неначе головне та єдине семантичне навантаження тут лежить тільки на префіксі, а все інше є в слові пустий/зайвий баласт. Словом, має бути щось влучніше.
Єлисію, в цьому випадку статеві клітини зливаються буквально й фізично, а злуку чи лучбу краще на мій погляд залишити для інтеграційі держав чи парування тварин.
Я писав не про акт і наслідок самого "злиття" в розумінні єднання в одне ціле, а про саму асоціацію з "литтям" і дією "лити, лляти", яка тут є явно побічна. Що ті тіла суть "м'які" не є головне, що є суть "зиготи". Головне є результат дії, коли з двох стає одне. Грецьке слово не є мотивовано асоціацію з "м'якістю~рідкістю, яке ллється", а коренем зо значенням "лучби, єднання".
Підкреслення саме єднання може спричинити плутанину зі статевим актом. Я до речі не проти секс/коїтус назвати саме лучбою, а інтеграцію держав злукою, бо слово "воз'єднання" чи "єднання" явно походять від церковнослов'янізму "єдиний": "Початкове «є» на місці східнослов'янського «о»: єдиний, єдність (пор. укр. один)": 
uk.wikipedia.org: Церковнослов'янізм
"воз'єднання" є точно гібрид цсл. з укр, либонь. А "єднання" ні, або принаймі проти його цсл-сті (чи польськості) можна посперечатися.
"Початкове «є» на місці східнослов'янського «о»: єдиний, єдність ...
Я вже тут про *ed-yn- : *ed-in- писав; єдин- є єдин-, а єдьн- є єдьн-. <Єдність> є скоріше полонізм (<є> під наголосом, замість очікуваного <ї>), але <єднáти> таки нема переконливих підстав списати в чуже (наголос тут не на <є>, а тому <є> тут можна трактувати як "послаблене" <ї>), і творене є се дієслово не від єдин, а від єдьн- "єден, їдна~{йнна}, їдно~{їнно}" - питомої руської форми поруч з один- (правильна парадигма останнього є: один, одина, одино).
Чому тоді ЕСУМ це пише в спосуди?
goroh.pp.ua: єдиний
Та й чому перше "є-" не перетворилося в "о-" як це було з праслов'янськими "єлень", "єдин", "єзеро"?
Гарно. І кого лякає схожість до металевого "злитку", то відайте, що "злиток" це вочевидьки калька російського "сліток".
Від слова "злучати".
Від *poyiti "лучити (з ким/чим), єднати, зли(ва)ти" в укр. <поїти>, та його дуративного (тривала чи вторена дія) варіанта <паяти>, що є кавзативний твар (дієслово спричинення дії в об'єкті: садити від сісти, ложити від лягти, бавити від бути, гоїти від жити тощо) від дієслова <пити>. Таким чином, первісно *poyiti, *payati є *"лучити рідиною" (в технології паяння рідким, плавленим металом – через образність: кус твердого металу "п'є" з металу топленого). Ся семантична мотивація дієслова пити лягла [мені] в основу творення слова для тями "зигота" - як те, що є лучено злиттям, у рідкім стані.
Я намагався підібрати основу чи корінь, який передасть відповідну суть "злиття рідкої/м'якої/аморфної речовини" без додаткових/уточнювальних афіксів значення "єднання" (як <з->), бо грецьке *zygote є від чистого кореня, здатного таке значення передати. Із перебраних мною коренів *poy- неначе найліпше в укр.м. здатен сю суть передати. Остаточну морфологію самого йменника я поки рішити не міг, тому даю кілька форм ...
... на вибір (можуть бути й інші від сього кореня). Спільне й головне в тих формах є чепінь *-en- пасивних дієприкметників, тобто з вихідною основою *poy-en-, що тут має відбити значення *"[те, що є] злите ~ паяне". У формі <поїнь> із *poy-en-y- є відбито оформлення парадигматичним чепенем *-y- ймен жіночого роду з відтінком результату дії; з закономірним переголосом *-y-en-y- в <-їнь> у критім складі, та <-ен-> у складі полім. Форма <поєна> є в істоті субстантивований дієприкметник *poyena від дієслова *poyiti, себо *"лучена паянням, пайкою, литтям"; а твар <поїнка> є дрібний твар від <поєна>, ги <печінка> від *печена, чи <плетінка> від *плетена; самий же жіночий рід є навіяний жіночим родом грецької форми *zygóté; хоча - як я вже вище писав - остаточна форма є ще відкрита для обговорення.
—