Від праслов'янського *konъ, давньоукраїнського конъ.
У давні часи це також означало "початок":
https://en.wiktionary.org/wiki/Reconstruction:Proto-Slavic/konъ
В українській мові, щоправда, "кін" означає "сцена; місце гри; місце для публічного наказування", але стару тяму якщо відродимо, з новою вона перетинатиметься слабо і плутанини не створить, бо полісемію маємо у багатьох словах.
Вислів ж "на кону" є росіянізмом часів СССР.
Обладнати, спорядити. 
goroh.pp.ua: обладувати
"Обладували вози в дорогу." (Сл. Б. Грінченка)
"Вікторія розповіла, як їхню групу скинули в ворожий тил для налагодження зв'язку з партизанами." (А. Хижняк)
"– Тут усі інструкції зі встановлення й налагодження пристроїв, а також необхідне програмне забезпечення."(О. Авраменко, В. Авраменко)
3.2 Робити що-небудь придатним для роботи, користування і т. ін.; налаштовувати.
"Саме напередодні свят налагодив [Остап] косу .. та й пропав з дому." (А. Головко)
goroh.pp.ua: налагоджувати
Ініціалізація застосунку = запуск застосунку
Трохи задовге, але якщо є вираз «започаткував» , то чому б від нього не відштовхнутись?
Все одно коротше за кількістю складів, ніж і-ні-ці-ал-із-ац-і-я.
А започаткування як видозміна перекладу є гожим?
Залежить від того одноразова чи багаторазова дія. Ваш варіант це одноразова дія.