Одне з гирлів Дунаю греки називали Ликостомон (Вовча паща), а місто, яке було збудоване у цьому гирлі носило назву — Ахілія, яка з часом перетворилася на назву — Кілія. Назва міста Ахілія, згадана також у євангелії, яке зберігалося з 1647 р. в Миколаївській церкві. Молдовани називали місто — Возія (Vosia) . Кантемир у своїй історії вказує, що місто Кілія в давнину носило також назву Ликостом(он). Станіслав Сарницький (1532—1597) стверджував, що фортеця Томі була там, де в його час знаходилася Кілія.
Згідно з легендою, назву дав поселенню Александр Македонський. Так він іменував його на честь свого міфічного предка – напівбога та героя Т…